El club, con la denominación como tal de Noia Fútbol Sala, nace en el año 2008. Desde entonces, el conjunto gallego, ahora conocido como Noia Portus Apostoli FS, se asentó en la Segunda División B, disputándola nueve cursos seguidos hasta que, en la campaña 2017/2018, consiguió ascender a la segunda máxima categoría del campeonato nacional. En la temporada 2021/2022 consiguió proclamarse campeón de Segunda División, lo que le hizo conseguir su primer ascenso a la élite del fútbol sala español.